《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]第088号）规定：四、关于货运发票开具问题（一）按代开票纳税人管理的所有单位和个人（包括外商投资企业、特区企业和其他单位、个人），凡按规定应当征收营业税，在代开货物运输业发票时一律按开票金额3%征收营业税，按营业税税款7%预征城建税，按营业税税款3%征收教育附加费。同时按开票金额3.3%预征所得税，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。
《国家税务总局关于调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的通知》（国税函[2008]819号）规定：现将调整代开货物运输业发票企业所得税预征率的问题通知如下：代开货物运输业发票的企业，按开票金额2.5%预征企业所得税。
本通知从2008年1月1日起执行。《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第四条（一）项中“按开票金额3.3%预征所得税”同时废止。
根据上述规定，预征的所得税年终时进行清算。但代开票纳税人实行核定征收企业所得税办法的，年终不再进行所得税清算。
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